Sekolah Tinggi Teologi Rajawali Arastamar Indonesia (STT-RAI) didirikan oleh Tim-RAI, yang terdiri atas: Dr. Deky Hidnas Yan Nggadas, M.Div., M.Th., Lyly Grace Mantiri, S.Sos., M.Pd., Deisy Eman, M.Th., Dohar Ronal Sitompul, M.Th.

Atas doa dan upaya serta kerja keras dari Tim-RAI, STT-RAI Batam mengadakan Pembukaan Semester Perdana pada tanggal 3 September 2021.

STT-RAI Batam dinaungi oleh Yayasan Rajawali Arastamar Indonesia (YARAI) yang menetapkan berdirinya Sekolah Tinggi Teologi Rajawali Arastamar Indonesia (STT-RAI) melalui Surat Keputusan Pendirian Institusi Perguruan Tinggi Kristen (SK-PIPTK) Nomor: 001/YARAI/INST.STT-RAI/VI/2021, tanggal 15 Juni 2021. STT-RAI Batam telah mendapatkan Surat Keputusan Menteri Agama RI, Nomor 897 Tahun 2022, Tentang Izin Pendirian Sekolah Tinggi Teologi Rajawali Arastamar Indonesia Batam Provinsi Kepulauan Riau, Tanggal 30 Agustus 2022.

Saat ini STT-RAI Batam memiliki Program Studi S1 Teologi telah mendapatkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen Kementerian Agama RI, Nomor 625 Tahun 2022 Tentang Izin Penyelenggaraan Progam Studi Teologi untuk Program Sarjana, tanggal 14 September 2022. Prodi S1 Teologi juga telah mendapatkan Status Akreditasi Minimum dari BAN-PT, No SK 2670/SK/BAN-PT/Ak.P/S/VII/2023, tanggal 4 Juli 2023 (berlaku sampai tanggal 4 Juli 2025).

Pada bulan April  2024, STT-RAI Batam telah mengajukan Borang Izin Penyelenggaraan untuk Prodi S2 Magister Teologi ke Dirjen Bimas Kristen Kemenag RI (dalam proses).